Tijdens de periode van de Wei-, Jin-, Zuidelijke en Noordelijke Dynastieën ontwikkelde de Zijderoute zich continu, waaronder de Noordwestelijke Zijderoute (ook wel de Oase Zijderoute of de Woestijn Zijderoute genoemd), de Zuidwestelijke Zijderoute en de Maritieme Zijderoute. Deze periode werd gekenmerkt door de overgang van de Han-dynastie naar de Sui- en Tang-dynastieën, de verdere ontwikkeling van de Maritieme Zijderoute en de frequente uitwisselingen tussen de noordelijke en zuidelijke regimes en de Westelijke regio's [27].
In het eerste jaar van Tai 'an (455) van keizer Wencheng van de Noordelijke Wei, na een lange onderbreking van directe contacten, vestigde Perzië direct contact met de Noordelijke Wei-dynastie, die Noord-China verenigde. Vanaf deze tijd tot het derde jaar van Zhengguang (522) registreert het Boek van Wei tien Perzische missies, waarvan de eerste vijf vermoedelijk naar Pingcheng (nu Datong, Shanxi), de hoofdstad van de Noordelijke Wei, en de laatste vijf naar Luoyang nadat de hoofdstad in 493 was verplaatst, waarbij glaskunst naar China werd gebracht. [28]
In het eerste jaar van de Goddelijke Schildpad (518) vertrokken Song Yun en Bhikkhu Huisheng vanuit Luoyang op een missie naar de Westelijke Regio's langs de Zijderoute om boeddhistische sutra's te vereren. In het derde jaar van Zheng Guang (522) keerden Song Yun en Huisheng terug naar Luoyang vanuit India en brachten 170 Mahayana-klassiekers mee, die de boeddhistische cultuur van China verrijkten.
Perzische gezanten volgden de Zijderoute ook verder naar de zuidelijke Dynastieën. In het tweede jaar van Middle Datong (530) stuurde Perzië een gezant om de tandrelikwie aan te bieden. In augustus van het vijfde jaar (533) stuurde hij een gezant en bood zijn goederen aan. In april van het eerste jaar van Datong (535) werd er opnieuw een offer gebracht. De doorgang van Perzië leidde naar de Zuidelijke Dynastie, die van de Westelijke Regio's naar Yizhou (Sichuan) ging, en vervolgens de Jangtsekiang af naar Jiankang (het huidige Nanjing).